在液體菌種培養時，無論是何種培養基，除加有抑制劑外，一般三大類菌都有可能生長，所以應了解它們菌落特征的基本區別。本文部份資源來源于中國科學院微生物研究所科普網站。
細菌是原核生物，為單細胞型生物，通過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式二分裂這種無性繁殖的方式：一個細菌細胞細胞壁橫向分裂，形成兩個子代細胞。
細菌菌落較小，細胞球狀（直徑0.5～1.0μm），桿狀（寬0.5～1.5μm，長1.0～4.0μm)。運動型細菌可以依靠鞭毛，細菌滑行或改變浮力來四處移動。另一類細菌，螺旋體，具有一些類似鞭毛的結構，稱為軸絲，連接周質的兩細胞膜。當他們移動時，身體呈現扭曲的螺旋型。螺旋菌則不具軸絲,但其具有鞭毛。
除鏡檢外也可采用牛肉膏瓊脂培養基等培養鑒定。
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細菌最主要的繁殖方式是二分裂，就是在細菌細胞生長到一定階段時，一分為二，由一個細胞變成兩個子細胞。細菌二分裂時，細胞中的遺傳物質，即DNA先進行復制，然后在細胞的中央形成橫隔壁，最后子細胞分裂，每個子細胞都具有一個DNA分子。
在少數細菌中，還存在著其它的繁殖方式，如不等二分裂、出芽繁殖、三分裂和多分裂等。不等二分裂是二分裂的變體形式，柄細菌的繁殖就是一個典型的例子。柄細菌的形態很有趣，它僅在一端生出一根鞭毛（細菌的運動“器官”）。繁殖前，在生鞭毛的一端長出一個柄，此時，鞭毛就消失了，之后，細胞伸長，在細胞的另一端長出一根鞭毛。細胞分裂后，形成形態不同的兩個子細胞，一個有柄但無鞭毛，另一個只有鞭毛卻無柄。有鞭毛的細胞生長到一定階段，又開始上述的不等二分裂繁殖過程。
細菌在人工配制的固體培養基上生長、繁殖時，大量細胞以其母細胞為中心，聚集在一起形成一個肉眼可見的、具有一定形態結構的子細胞群，稱之為菌落，許多菌落連成一片時，則稱之為菌苔。菌落可作為菌種鑒定和判斷純度的重要依據。
細菌的形態
細菌是單細胞生物，也就是說，一個細胞就是一個個體。細菌的基本形態有三種：球狀、桿狀和螺旋狀，分別被稱為球菌、桿菌和螺旋菌。
球菌大小以直徑表示，多為0.5-1.0微米。根據分裂后細胞排列方式的不同進行分類。細胞分裂后，新個體分散而單獨存在，是單球菌，如尿素微球菌（Micrococcus ureae）。兩個細胞成對排列，是雙球菌，如肺炎雙球菌（Diplococcus pneumoniae）。經兩次分裂形成的四個細胞聯在一起呈田字形，是四聯球菌，如四聯微球菌（Micrococcus tetragenus）。多個細胞排成鏈狀，是鏈球菌，如乳鏈球菌（Streptococcus lactis）。細胞沿著三個互相垂直的方向進行分裂，分裂后的8個細胞疊在一起呈魔方狀，是八疊球菌，如尿素八疊球菌（Sarcina ureae）。細胞無定向分裂，形成的新個體排列成葡萄串狀，是葡萄球菌，如金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。
桿菌的大小以寬度×長度表示，一般為0.2-1.25×0.5-5.0微米。分為單桿菌、雙桿菌、鏈桿菌等。菌體兩端形態各異，如鈍圓、平截或略尖等。各種桿菌的長度與直徑比例差異很大，有的粗短，有的細長。桿菌是細菌中種類最多的，如大腸桿菌（Escherichia coli）、枯草芽孢桿菌（Bacillus subtlis）等。
桿菌的大小以寬度×長度表示，一般為0.2-1.25×0.5-5.0微米。分為單桿菌、雙桿菌、鏈桿菌等。菌體兩端形態各異，如鈍圓、平截或略尖等。各種桿菌的長度與直徑比例差異很大，有的粗短，有的細長。桿菌是細菌中種類最多的，如大腸桿菌（Escherichia coli）、枯草芽孢桿菌（Bacillus subtlis）等。
螺旋菌大小一般為0.3-1.0×1.0-50微米，根據細胞彎曲程度和螺旋數目分為兩種。若菌體彎曲不足一圈，似逗號形，稱為弧菌，如霍亂弧菌（Vibrio cholerae）；菌體回轉如螺旋狀，則稱為螺菌，如減少螺菌（Spirillum minus）。
除此之外，還有一些特殊形態的細菌，如長有附屬絲的紅微菌，絲狀的亮發菌等。
細菌的結構
細菌細胞是原核細胞，就是在細胞中沒有細胞核結構，只有明顯核區（擬核），外面無核膜包圍。與有真正細胞核的真核細胞相比，其它結構成分也有差異，如原核細胞壁的主要成分是一類含有氨基酸的多糖，稱為肽聚糖，而真核細胞壁主要由纖維素或甲殼質組成。
細菌細胞的基本結構是一般細菌共有的結構，包括細胞壁、細胞質膜、擬核、細胞質。細胞壁是位于細胞最外面的一層堅韌而略具彈性的結構層，主要由肽聚糖構成，有固定外形和保護細胞等多種功能。
細胞質膜是緊貼在細胞壁內側，包圍細胞質的一層柔軟且富有彈性的半透性薄膜，是重要的代謝活動中心，對于細菌的呼吸、能量的產生、運動、生物合成、內外物質的交換運送等均有重要的作用。
擬核位于細胞質內，是一種沒有核膜、沒有核仁、沒有固定形態、結構也較簡單的原始形態的核，其實質是一個大型環狀的雙鏈DNA分子，是負載細菌遺傳信息的物質基礎。
細胞質是由細胞質膜包圍著的，除擬核以外一切透明、膠狀、顆粒狀物質的總稱。具有維持細胞內環境平衡等多種功能，分散于細胞質中的核糖體顆粒是蛋白質合成的場所。
細菌細胞的特殊結構包括鞭毛、菌毛、莢膜、芽孢等，是某些細菌在某生長階段具有的結構。鞭毛是某些細菌表面著生的一至數根由細胞內伸出的細長、波曲的絲狀體，具有運動的功能。鞭毛在菌體上的著生位置、數目因種而異。菌毛（又名纖毛）是在細菌體表的比鞭毛更細、更短、直硬，且數量較多（250-300根）的絲狀體，與細菌吸附或性結合有關。
莢膜是某些細菌向細胞壁表面分泌的一層厚度不定的膠狀物質，它猶如穿在菌體表面的一件外套，用顯微鏡觀察，中心部位是細菌菌體，在暗色背景下莢膜呈透明狀環繞菌體，具有抗干燥、抗吞噬和附著作用。
芽孢是某些細菌于生長后期，在細胞內形成的一個圓形、橢圓形或圓柱形的休眠體，能產生芽孢的多為桿菌，產芽孢母細胞的外殼稱芽孢囊。芽孢在菌體內的位置、形狀、大小因種而異，有中央位、端位、近端位等。芽孢直徑大于或小于等于菌體寬度。芽孢具有極強的抗熱、抗輻射、抗化學藥物和抗靜水壓等特性，堪稱生命世界之最，所以有些細菌在環境條件不利于生長繁殖時便會形成芽孢。
細菌的繁殖
二分分裂繁殖是細菌最普遍、最主要的繁殖方式。在分裂前先延長菌體，染色體復制為二，然后垂直于長軸分裂，細胞赤道附近的細胞質膜凹陷生長，直至形成橫隔膜，同時形成橫隔壁，這樣便產生兩個子細胞。
單個或少數細菌細胞生長繁殖后，會形成以母細胞為中心的一堆肉眼可見、有一定形態構造的子細胞集團，這就是菌落。細菌菌落常表現為濕潤、粘稠、光滑、較透明、易挑取、質地均勻以及菌落正反面或邊緣與中央部位顏色一致等。細菌的菌落特征因種而異。
